SMK Muhammadiyah Pakem merupakan SMK Pusat Keunggulan yang mengembangkan kompetensi keahlian dalam peningkatan kualitas dan kinerja, yang diperkuat melalui kemitraan dan penyelarasan dengan dunia usaha, dunia industri, dunia kerja, yang akhirnya menjadi SMK rujukan yang dapat berfungsi sebagai sekolah penggerak dan pusat peningkatan kualitas dan kinerja SMK lainnya. Selain itu, ada program pendampingan yang dirancang untuk membantu SMK PK dalam pencapaian output. Pelaksana pendampingan dilakukan oleh perguruan tinggi yang telah memenuhi kriteria.
SMK Muhammadiyah Pakem Sleman, telah ditetapkan sebagai SMK Pusat Keunggulan oleh Kemendikbudristek, khususnya untuk jurusan Desain Pemodelan dan Informasi Bangunan (DPIB) atau yang lebih dikenal jurusan Arsitektur.
